一、史前時期
花東縱谷地區已發現的史前文化遺址內容，可分成新石器文化與鐵器文化兩個階段，遺址多分布於河階。其中新石器時代由早至晚為
大坌坑文化(距今4500 年前至4000 年前)，
東部細繩紋陶文化(距今4000 年前至3500 年前)，
縱谷巨石文化(距今3000 年前至2000 年前)，
卑南文化(距今3500 年前至2000 年前)，
靜浦文化富南類型(距今1000 年前至200 年前)。
上述的史前文化如大坌坑、東部細繩紋陶文化、卑南文化、巨石文化、靜浦文化等分布範圍包括東海岸及縱谷區，而由於地質環境及時間因素影響，與海岸相較之下，縱谷區內的史前文化有其特色；其中靜浦文化富南類型與縱谷區內阿美族文化有直接相關。
二、歷史時代前期─原住民族時期
秀姑巒溪流域是秀姑巒阿美族的主要根據地，其族早期分布範圍從秀姑巒中游到花蓮溪上游一帶，後來拓展到秀姑巒溪整個流域，這群阿美族源自海岸阿美群，初期可能是循著貓公（豐濱）溪與秀姑巒溪往西遷入縱谷區。此區域在十八、九世紀時也因外來的布農族（巒、丹社群等）、西拉雅族遷入，導致原住的阿美族主要部落，在十九世紀中葉時退到秀姑巒
中游與花蓮溪上游之間。
十八世紀以前，花蓮溪流域除了上游已有的秀姑巒阿美族、下游的南勢群阿美族外，中游地區原本是一個淨空地帶，十八世紀時，原居立霧溪流域的泰雅族太魯閣群從中央山脈大舉遷入，十九世紀末葉到二十世紀初，又有阿美族南勢群、撒奇拉雅群、噶瑪蘭族以及閩、客籍的遷入，這個區域可說是花東後山人類族群發展史上最紛擾之區，也是花東縱谷內最
晚才形成的一個人文地理區。
三、歷史時代後期─漢人歷史期
1.清光緒（1875）以前
清代治台初期漢人與東部後山的接觸，始於康熙三十二年(西元1693年)，有陳文、林侃等商船，遭風漂至其處，住居經年。於是康熙34年大雞籠通事賴科、潘冬等前往招撫(藍廷珍，1997:90)。以及康熙三十三年《台灣府志》所記載的「卑南覓社附入鳳山縣輸餉」記錄(高拱乾，1993:134)，後有康熙六十一年間，清軍外委千總鄭惟嵩等追勦朱一貴餘孽，由鳳山到卑南覓社(藍廷珍，1997:21)。漢人的入墾則自清中葉以後才陸續出現，如嘉慶十六年(西元1811 年)間，宜蘭人氏李亨、莊找入墾奇萊，道光八年宜蘭人吳全、蔡伯玉等人入墾「吳全城」。咸豐元年淡水黃阿鳳募佃墾十六股，咸豐三年沈私有、陳唐、羅江利到璞石閣墾荒(駱香林，1978:4)，以及咸豐年間鄭尚入卑南等。到同治十二年間，後山的漢人仍只有「寶藏(寶桑)二十八家，成廣澳五、六家，璞石閣四十餘家，花蓮港四十餘家」而已(陳英，1960:81)。
2.清光緒以後的「開山撫番」
到光緒元年止，清廷治台已近兩個世紀，清代開後山的首要之事就是開路，同治十三年九月間，台灣南、北兩路就已經由袁聞柝、羅大春分頭率兵開道。十月二十日袁聞柝親自率領綏靖軍抵達台東卑南，十一月底羅大春的先遣部隊，在都司陳光華率領下也抵達花蓮奇萊(沈葆楨，1959:5)，中路也於光緒元年正月初九日由吳光亮率飛虎軍，自南投林圯埔、社寮開工，在十一月初八日抵達璞石閣。
北、中、南三路陸續開通後，除大批的軍隊積極分防駐紮各處招撫番社外，並開始設官治理與招民拓墾，前後歷經「招撫」、「撫墾」、「清賦」，以及設立廳、州等不同時期、不同制度下的行事，依時間大略可分為五個階段：
光緒元年十二月至光緒三年五月的「招撫期」、
光緒三年五月至光緒五年九月間的「官墾期」、
光緒五年十月以後至光緒十二年五月「民墾期」、
光緒十二年秋以後「清賦時期」、
光緒十二年五月年至日據初的「撫墾期」。
日治以後花、東兩縣分治，並積極招募日本移民到東台灣殖民，台灣西部漢人至此才大批的遷入，現在花東縱谷沿線的漢人聚落大都是此時期才形成的。
位置、地形、山脈、海洋等自然環境深深影響著氣候，而氣候又影響著我們的生活。所以在了解花蓮的自然環境之後，粗略探討一下花蓮的氣候。
由於花蓮東臨太平洋，西倚中央山脈，北回歸線又經過瑞穗，氣候四季如春，冬暖夏涼。因為太平洋的黑潮暖流經過東部海岸，溫暖的洋流會釋放出熱量，使花蓮冬天的溫度較其他地方為高；高聳的中央山脈擋住冬天寒冷的季風，亦有一點影響。夏天，則又受到來自海洋的季風調節，又使得溫度比其他地方涼快一些。因此花蓮成為很適於居住的地方。
然而，颱風卻又使花蓮深受其害。由於臺灣正位於每年颱風行經的路徑上，每當颱風來襲，位在東部的花蓮常是首當其衝。暴風、豪雨、暴漲的河流等，常常造成重大的損失。但若颱風過門而不入，卻又會造成乾旱水荒，這也是很不好的事。
除了颱風災害之外，地震也是花蓮另一個防不勝防的天然災害。臺灣的正好是位於環太平洋地震帶上：而花蓮的所在，花東縱谷又是歐亞大陸板塊和菲律賓海板塊的交界處，這兩個板塊在此地互相擠壓和衝撞，地殼經常不穩，因而地震特別多。
地震幾乎無法預測，只能平時多做安全措施，多注意些防震常識，以求將災害減至最低，讓我們的生命財產獲得安全的保障。
值得同時參考的網站： 颱風資料庫 地震百問
花蓮的海岸線北起於與宜蘭縣交界的和平溪口，南迄於豐濱鄉的大港口，全長一百二十四公里，海岸線雖然不長，但因為中央山脈和海岸山脈相繼逼近太平洋，再加上河流的切割和沖積，因而也造成許多種的海岸景觀。
如平溪口南邊的和平村到崇德間，因中央山直逼太平洋，以致造成懸崖峭壁的奇景，著名的清水斷崖便是其中一段，崖高達一千公尺以上。此外，花蓮到磯崎灣一段是美麗的礫灘；磯崎灣的砂質海灘很適合水域活動，是花蓮縣唯一有潛力發展為海水浴場的地區。再往南的石門海岸區，是由岩質堅硬的都巒山火山集塊岩構成，因終年受海浪沖擊，海蝕地形發達，石門海蝕洞就是這段海岸地形的代表。而在石門之南的石梯坪，則又是另一種海階地形。是一種隆起的海蝕平臺，因清光緒三年，統領吳光亮率兵開路至此，看到這些岩石排列如梯，乃稱它為石梯坪。
基本上，花蓮的海岸屬於斷層海岸，除了海灣、海岬、海灘、海崖外，還有海階、隆起珊瑚礁、岩臺等地理景觀，相當特殊。是遊憩、教學的最佳自然教室與題材。
花蓮的西部大都為中央山脈山區，且覆蓋著廣大的原始森林，林區地表所蓄積的豐沛水量便沿著山谷瀉流而下，匯聚成河。因此成就了花蓮有著青山綠水的美麗環境。
花蓮境內較大的河川，從北到南依序是和平溪（舊名大濁水溪）、立霧溪、花蓮溪和秀姑巒溪。這些河川拜氣候調和、雨水充沛，且開發較晚所賜，目前都沒有受到太大的污染，還能保有清淨的溪河暢流不息。
和平溪發源於南湖大山的東向坡，全長 42 公里，是花蓮縣和宜蘭縣的界河。
立霧溪發源於合歡山與奇萊北峰之間，其中游部分鑿過結晶石灰岩及花崗麻岩質地的谷地，形成高差達一千餘公尺的太魯閣峽谷，是太魯閣國家公園的精華所在。立霧溪的峽谷在地質學上稱為鋸切谷，是世界馳名的河蝕地形，同時也被評為世界級的風景；實為花蓮之寶。
花蓮溪主流發源於大富西方偏北的興魯郡山，集支流馬太鞍溪、萬里溪、壽豐溪和木瓜溪，沿著花東縱谷向東北流，於海岸山脈最北端的花蓮山注入太平洋。
秀姑巒溪發源於臺東縣池上鄉的大坡池，另一說法是發源於花蓮、台東兩縣縣界之崙天山南麓。主要支流有富源溪 (馬蘭鉤溪)、紅葉溪、太平溪 (豐坪溪) 、卓溪、清水溪及樂樂溪。沿花東縱谷由南向北流，在瑞穗附近折而向東，切穿海岸山脈，於豐濱鄉的大港口注入太平洋；河流長 81.15 公里。這條河沿岸風景秀麗，水流湍急，1981 年起因泛舟運動的崛起而馳名全國。下游河口建有長虹橋。最著名的景點是河床中的巨大白石，稱為漱玉奇景。潔淨的溪水，河裡孕育繁殖著兩種珍稀魚類：高身鮕魚（俗稱鰻仔）和何氏棘扒（俗稱卷仔）。這兩種國寶級的稀有魚類。目前均屬法令保護物種。
值得同時參考的網站：
秀姑巒溪- Wikipedia
花蓮溪- Wikipedia
和平溪- Wikipedia
立霧溪- Wikipedia
山地占花蓮縣土地面積 87%，在花蓮幾乎可以說隨時「開門見山」。因此，應該要對花蓮縣裡雄偉的大山進一步的了解。若是搭火車從花蓮往南行，映入眼簾的盡是巍峨的高山。東側 (左手邊) 是海岸山脈，西邊 (右手邊) 是中央山脈；這兩座山脈有如小孩與大人相牽並行、東西輝映，形成了本縣特有的地形景觀。
中央山脈大約是在七千萬年前的「南澳造山運動」時，因地殼受到碰撞與擠壓作用而自海底抬升起來的古老山脈。地質結構是沉積岩、變質岩、砂岩、粉砂岩、頁岩、礫岩，其間藏有豐富的砂金、大理石、水晶、玉髓等礦產。而其山上的動植物生態更是種類繁多而又古老珍希。因此政府在這片山區設立了太魯閣國家公園和玉山國家公園，以保護這些珍稀的動植物。國家公園的大部分區域都在本縣境內，這是花蓮縣值得驕傲的一個項目。
另外，中央山脈的高山簇簇，超過三千公尺且列入「臺灣百岳」的名山，在花蓮縣就有 43 座，如秀姑巒山、南湖大山、中央尖山、奇萊山、合歡山等，這些雄偉的大山在登山界可都赫赫有名！
東側海岸山脈較為矮小，最高的新港山也只 1682 公尺。為什麼兩個山脈差距這麼大呢？因為，海岸山脈生成的時間較晚，大約是在四百萬年前，因菲律賓海板塊與歐亞大陸板塊相互碰撞擠壓而造成的。另外，海岸山脈的地質結構是由較軟的沈積岩組成，抗蝕性較弱，容易被侵蝕風化。
目前，這兩座山脈仍以驚人的速度成長，中央山脈每年上升 5MM，海岸山脈是每年上升 3CM，而且兩山又以每年 2.3CM 的速度相聚合。若以此速度繼續進行下去，二十萬年後，兩山就會合在一起了！不過，這還是很久很久的事，還是要先好好的愛護我們的青山綠水的美麗環境。
值得同時參考的網站：台灣的地史 (阿山的地科研究室)
