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一、史前時期

花東縱谷地區已發現的史前文化遺址內容，可分成新石器文化與鐵器文化兩個階段，遺址多分布於河階。其中新石器時代由早至晚為

1. 大坌坑文化(距今4500 年前至4000 年前)，
2. 東部細繩紋陶文化(距今4000 年前至3500 年前)，
3. 縱谷巨石文化(距今3000 年前至2000 年前)，
4. 卑南文化(距今3500 年前至2000 年前)，
5. 靜浦文化富南類型(距今1000 年前至200 年前)。

上述的史前文化如大坌坑、東部細繩紋陶文化、卑南文化、巨石文化、靜浦文化等分布範圍包括東海岸及縱谷區，而由於地質環境及時間因素影響，與海岸相較之下，縱谷區內的史前文化有其特色；其中靜浦文化富南類型與縱谷區內阿美族文化有直接相關。

二、歷史時代前期─原住民族時期

秀姑巒溪流域是秀姑巒阿美族的主要根據地，其族早期分布範圍從秀姑巒中游到花蓮溪上游一帶，後來拓展到秀姑巒溪整個流域，這群阿美族源自海岸阿美群，初期可能是循著貓公（豐濱）溪與秀姑巒溪往西遷入縱谷區。此區域在十八、九世紀時也因外來的布農族（巒、丹社群等）、西拉雅族遷入，導致原住的阿美族主要部落，在十九世紀中葉時退到秀姑巒
中游與花蓮溪上游之間。

十八世紀以前，花蓮溪流域除了上游已有的秀姑巒阿美族、下游的南勢群阿美族外，中游地區原本是一個淨空地帶，十八世紀時，原居立霧溪流域的泰雅族太魯閣群從中央山脈大舉遷入，十九世紀末葉到二十世紀初，又有阿美族南勢群、撒奇拉雅群、噶瑪蘭族以及閩、客籍的遷入，這個區域可說是花東後山人類族群發展史上最紛擾之區，也是花東縱谷內最
晚才形成的一個人文地理區。

三、歷史時代後期─漢人歷史期
1.清光緒（1875）以前
清代治台初期漢人與東部後山的接觸，始於康熙三十二年(西元1693年)，有陳文、林侃等商船，遭風漂至其處，住居經年。於是康熙34年大雞籠通事賴科、潘冬等前往招撫(藍廷珍，1997:90)。以及康熙三十三年《台灣府志》所記載的「卑南覓社附入鳳山縣輸餉」記錄(高拱乾，1993:134)，後有康熙六十一年間，清軍外委千總鄭惟嵩等追勦朱一貴餘孽，由鳳山到卑南覓社(藍廷珍，1997:21)。漢人的入墾則自清中葉以後才陸續出現，如嘉慶十六年(西元1811 年)間，宜蘭人氏李亨、莊找入墾奇萊，道光八年宜蘭人吳全、蔡伯玉等人入墾「吳全城」。咸豐元年淡水黃阿鳳募佃墾十六股，咸豐三年沈私有、陳唐、羅江利到璞石閣墾荒(駱香林，1978:4)，以及咸豐年間鄭尚入卑南等。到同治十二年間，後山的漢人仍只有「寶藏(寶桑)二十八家，成廣澳五、六家，璞石閣四十餘家，花蓮港四十餘家」而已(陳英，1960:81)。

2.清光緒以後的「開山撫番」
到光緒元年止，清廷治台已近兩個世紀，清代開後山的首要之事就是開路，同治十三年九月間，台灣南、北兩路就已經由袁聞柝、羅大春分頭率兵開道。十月二十日袁聞柝親自率領綏靖軍抵達台東卑南，十一月底羅大春的先遣部隊，在都司陳光華率領下也抵達花蓮奇萊(沈葆楨，1959:5)，中路也於光緒元年正月初九日由吳光亮率飛虎軍，自南投林圯埔、社寮開工，在十一月初八日抵達璞石閣。
北、中、南三路陸續開通後，除大批的軍隊積極分防駐紮各處招撫番社外，並開始設官治理與招民拓墾，前後歷經「招撫」、「撫墾」、「清賦」，以及設立廳、州等不同時期、不同制度下的行事，依時間大略可分為五個階段：

1. 光緒元年十二月至光緒三年五月的「招撫期」、
2. 光緒三年五月至光緒五年九月間的「官墾期」、
3. 光緒五年十月以後至光緒十二年五月「民墾期」、
4. 光緒十二年秋以後「清賦時期」、
5. 光緒十二年五月年至日據初的「撫墾期」。

日治以後花、東兩縣分治，並積極招募日本移民到東台灣殖民，台灣西部漢人至此才大批的遷入，現在花東縱谷沿線的漢人聚落大都是此時期才形成的。

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