1945 年 12 月 25 日起臺灣由中華民國接管。同年 11 月接管會主任委員來到花蓮，指示行政不中斷，工廠不停工，學校不停課的原則，使一切迅速恢復正常。次年一月，花蓮縣政府成立，張文成為官派縣長，改花蓮港廳為花蓮縣政府，改郡街庄區署鎮鄉公所，並昭告民眾，日本人之動產和不動產，皆禁止授受。日治時期原住民改日姓名者，均改回漢姓，並清查戶口、地政及籌組人民團體，辦理求濟分困等工作。
由於長達五十年的日本統治，台灣同胞對祖國的政治制度與社會現況，均缺乏了解，而又期望過高。其次，在政治方面，行政長官制度，確有諸多缺失，而官箴、軍紀欠佳，政治參與和待遇也不盡公平。在經濟方面，由於不當之管制政策，百業蕭條，物價飛漲，失業嚴重。在社會方面，復員返鄉的前台籍日軍軍人，就職無路，一文莫名，因而逐漸形成一股不滿政府的暗潮。此外，行政長官陳儀個性剛愎，以致下情不能上達，官民關係惡劣。由於以上種種因素，有識之士早已預感危機之瀕臨，然而，長官公署猶渾然不覺。
1948 年全台爆發史稱 228 事變。花蓮縣大致上只有由縣長召集各里長及地方士紳、機關首長商討安定地方之辦法。成立二二八事件處理委員會花蓮分會，以馬有岳為主任委員，討論為確保治安及解決糧荒。十日國軍抵台北，長官公署廣播命令撤銷各縣市處委會。花蓮縣處委會乃緊急召開會議，一致通過解散該會。十一日，各機關開始上班，學校恢復上課。十七日國軍抵達，展開綏靖工作。整體而言，花蓮縣在事件發生期間，僅有小騷動，並無重大動亂。可查的紀錄中東部綏靖區計逮捕人犯 189 人，其中台東 55 人、花蓮 134 人，另通緝首謀重犯台東 6 人、花蓮 7 人。經軍法偵訊結果，准予自新者64 人、受管訓者 65 人、處徒刑者 50 人、死刑者 10 人。
1948 年一月，花蓮縣長換人，由曹匯川接任，繼續花蓮縣的各項建設工作。1949 年 5 月 19 日台灣省政府主席兼台灣省警備總司令陳誠發布台灣省戒嚴令實行戒嚴。 1950 年 6 月，實施地方自治； 8 月第一屆花蓮縣議會成立； 10 月選出花蓮縣第一任的民選縣長楊仲鯨先生。這時候的花蓮縣，各族群間均能和睦相處，各階層也都能發揮農業社會勤勞節儉的美德，努力工作；在農業生產方面，一年比一年的產量更多，人民的生活也日益改善。
從 1960 年代起，花蓮的中小型企業開始萌芽和成長，在政府人民的共同努力之下，國民所得提高，人民的生活更是顯著改善。尤其是九年國民教育的實施，對國民素質的提高更是大有幫助，奠下從農業轉型工商業社會的人力基礎。1970 年代推動十大建設，其中之一是興建北迴鐵路，於 1973 年 12 月開工，至 1980 年 2 月 1 日通車，此鐵路的興建，更給花蓮的交通和發展帶來極大的幫助。除鐵公路外，花蓮也闢建機場、航線，與其他地方密切往來。
歷經 1980、90 年代的安定與繁榮，花蓮縣早已不是後山一個落後的縣分了。
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