一、史前時期
花東縱谷地區已發現的史前文化遺址內容，可分成新石器文化與鐵器文化兩個階段，遺址多分布於河階。其中新石器時代由早至晚為
- 大坌坑文化(距今4500 年前至4000 年前)，
- 東部細繩紋陶文化(距今4000 年前至3500 年前)，
- 縱谷巨石文化(距今3000 年前至2000 年前)，
- 卑南文化(距今3500 年前至2000 年前)，
- 靜浦文化富南類型(距今1000 年前至200 年前)。
上述的史前文化如大坌坑、東部細繩紋陶文化、卑南文化、巨石文化、靜浦文化等分布範圍包括東海岸及縱谷區，而由於地質環境及時間因素影響，與海岸相較之下，縱谷區內的史前文化有其特色；其中靜浦文化富南類型與縱谷區內阿美族文化有直接相關。
二、歷史時代前期─原住民族時期
秀姑巒溪流域是秀姑巒阿美族的主要根據地，其族早期分布範圍從秀姑巒中游到花蓮溪上游一帶，後來拓展到秀姑巒溪整個流域，這群阿美族源自海岸阿美群，初期可能是循著貓公（豐濱）溪與秀姑巒溪往西遷入縱谷區。此區域在十八、九世紀時也因外來的布農族（巒、丹社群等）、西拉雅族遷入，導致原住的阿美族主要部落，在十九世紀中葉時退到秀姑巒
中游與花蓮溪上游之間。
十八世紀以前，花蓮溪流域除了上游已有的秀姑巒阿美族、下游的南勢群阿美族外，中游地區原本是一個淨空地帶，十八世紀時，原居立霧溪流域的泰雅族太魯閣群從中央山脈大舉遷入，十九世紀末葉到二十世紀初，又有阿美族南勢群、撒奇拉雅群、噶瑪蘭族以及閩、客籍的遷入，這個區域可說是花東後山人類族群發展史上最紛擾之區，也是花東縱谷內最
晚才形成的一個人文地理區。
三、歷史時代後期─漢人歷史期
1.清光緒（1875）以前
清代治台初期漢人與東部後山的接觸，始於康熙三十二年(西元1693年)，有陳文、林侃等商船，遭風漂至其處，住居經年。於是康熙34年大雞籠通事賴科、潘冬等前往招撫(藍廷珍，1997:90)。以及康熙三十三年《台灣府志》所記載的「卑南覓社附入鳳山縣輸餉」記錄(高拱乾，1993:134)，後有康熙六十一年間，清軍外委千總鄭惟嵩等追勦朱一貴餘孽，由鳳山到卑南覓社(藍廷珍，1997:21)。漢人的入墾則自清中葉以後才陸續出現，如嘉慶十六年(西元1811 年)間，宜蘭人氏李亨、莊找入墾奇萊，道光八年宜蘭人吳全、蔡伯玉等人入墾「吳全城」。咸豐元年淡水黃阿鳳募佃墾十六股，咸豐三年沈私有、陳唐、羅江利到璞石閣墾荒(駱香林，1978:4)，以及咸豐年間鄭尚入卑南等。到同治十二年間，後山的漢人仍只有「寶藏(寶桑)二十八家，成廣澳五、六家，璞石閣四十餘家，花蓮港四十餘家」而已(陳英，1960:81)。
2.清光緒以後的「開山撫番」
到光緒元年止，清廷治台已近兩個世紀，清代開後山的首要之事就是開路，同治十三年九月間，台灣南、北兩路就已經由袁聞柝、羅大春分頭率兵開道。十月二十日袁聞柝親自率領綏靖軍抵達台東卑南，十一月底羅大春的先遣部隊，在都司陳光華率領下也抵達花蓮奇萊(沈葆楨，1959:5)，中路也於光緒元年正月初九日由吳光亮率飛虎軍，自南投林圯埔、社寮開工，在十一月初八日抵達璞石閣。
北、中、南三路陸續開通後，除大批的軍隊積極分防駐紮各處招撫番社外，並開始設官治理與招民拓墾，前後歷經「招撫」、「撫墾」、「清賦」，以及設立廳、州等不同時期、不同制度下的行事，依時間大略可分為五個階段：
- 光緒元年十二月至光緒三年五月的「招撫期」、
- 光緒三年五月至光緒五年九月間的「官墾期」、
- 光緒五年十月以後至光緒十二年五月「民墾期」、
- 光緒十二年秋以後「清賦時期」、
- 光緒十二年五月年至日據初的「撫墾期」。
日治以後花、東兩縣分治，並積極招募日本移民到東台灣殖民，台灣西部漢人至此才大批的遷入，現在花東縱谷沿線的漢人聚落大都是此時期才形成的。
花東縱谷的形成是源於 7,000 萬年前，中央山脈在澳亞板塊撞擊的造山運動中，以及 400 萬年以來，菲律賓板塊的擠壓突起出海岸山脈而交互影響所致，縱谷位於中央山脈和海岸山脈間的狹長谷地，跨越花蓮至台東的綠色走廊，北起木瓜溪南至卑南溪。至今，這個複雜的板塊運動仍在進行，因此，乃造成了如今花東縱谷一帶多樣的地貌現象。
由於縱谷自然環境優美，民風淳樸，環境未受污染，具有獨特的自然及人文景觀，觀光遊憩資源極為豐富，沿路田野風光處處可見，盡是一片綠意和綿延的秀麗山脈田景景觀富於變化，水田、茶園、牧場、金針、文旦、瓜田等美景不斷映入眼簾，令人看了莫不心矌神怡，這就是 『流奶與蜜之地一花東縱谷』。
亦稱嘉里灣事件。1878 年農曆正月，商人陳文禮至加禮宛（在今花蓮市區）墾田，為「番」所殺，清營官令以金、穀慰安死者家屬。「番」不聽，且殺傳令兵丁，遂與竹窩宛社（在今花蓮市）謀叛。是年農曆 6 月報聞，以花蓮港營官陳得勝率部伐之不克，乃請駐北路統領孫開華來援，吳光亮自駐花蓮港督軍。8月24日討竹窩宛社；翌日，進逼加禮宛社，「番」不支，竄於東角山，會大風雨多餓死。老「番」乞降，許之。以酒、布賈其地，東至加禮宛溪，西至山，南至荳蘭（在今花蓮縣吉安鄉），北至加禮宛山。凡荳蘭溪以北為官地，南為「番地」，各事開墾，勿相侵凌。改加禮宛為佳落、竹窩宛為歸化，「番」悉心服命。
以上敘述，是官方的資料所記載，然據地方耆老的口述：商人陳文禮等，不改姦商之剝削，欺壓加禮宛的原住民，侵占不少田地，原住民恨之入骨，才造成被殺。而當時清廷也有意統治花蓮港一帶，乃藉此事件率兵征伐，原住民不敵，只好乞降。而投降之老弱婦孺，皆被趕盡殺絕，能逃者乃逃往花東海岸縱谷，焉有「以酒、布賈其地」之惠，而被捉的 400 餘名原住民也都同時處死，領導層包括大頭目 Komod Parik 以凌遲處死。
以上文字出處 大台灣百科
在荷蘭人的文獻中，撒奇萊雅人勢力範圍約在立霧溪以南，木瓜溪以北的平原地帶。 外地人與之接觸時，誤以Sakiraya是地名，就以諧音奇萊稱之。附近的高山也稱奇萊山。也因而花漣的地名一度曾為奇萊。荷蘭，清國，日本人的輿圖及文獻都沿用下來。撒奇萊雅人主要分佈於目前的四維高中附近，稱為達固部灣 Dagubuwan，在清國的文獻上稱之為竹窩宛。
根據撒奇萊雅老人口述，因族人協助宜蘭當地的噶瑪蘭社抗清，加禮宛事件落幕後也同遭清軍整肅，並被迫遷社。部分族人則散居在阿美族人的部落中，由於對清軍心懷恐懼，不敢認祖歸宗。逐漸的就被阿美族同化了。連後代子孫都不知道到自己的祖先是撒奇萊雅人。目前，撒奇萊雅族人大多散居在花蓮市國福里、德安里、瑞穗鄉馬力雲社及磯崎村等地。
這種原住民因為外來勢力的壓迫，進而散居而逐漸被外族所同化的現象，普遍的發生在整個台灣全島。其實，就整個台灣全島的現住民，表面上似如國民黨占領軍所宣稱的：台灣多為漢人。事實上，這只是經過高度政治與教育壓迫下的成果。縱始在文化與語言上，似乎漢文化是最高的比率，然而在血緣上，台灣住民身上所流著的血，最高的比率確實還是原始的台灣民族。
花蓮縣境內大大小小的史前遺址多達一百五十三個，分為三等級，其中有廿二個屬第一級文化遺址，但目前僅瑞穗鄉掃叭遺址、富里鄉公埔遺址及秀林鄉富世遺址，列為「國家三級古蹟」，受文資法保護。其餘十九個雖重要性相同，卻處於未受保護狀態。
相關的遺址，並不容易查得公開的完整資料。或許，正因為相關遺址並未取得法定保護的地位，公開周知之後，也許反而更可能成為加速破壞的現象。
在東海岸重要的史前遺址，第一級有壽豐鄉水璉遺址，及豐濱鄉靜浦、豐濱、新社、港口等五個遺址；第二級的「重要性遺址」也有八個，包括壽豐鄉的芳寮、嶺頂、鹽寮，以及豐濱鄉靜浦二、貓公、深橋、三富橋、石梯坪等八個。
刻在進行環境影響評估中的東部鐵路快捷化計畫中的 “花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化綜合規劃” 之中，約略也提到幾個沿線應注意可能受影響的遺址。譬如：平林遺址、塔卡汗遺址 、富源遺址、三民遺址、三軒南遺址、高寮遺址、下勞灣遺址、東里遺址、涼井遺址、復興遺址、網內山遺址、萬寧遺址、竹田遺址、東竹遺址、羅山遺址。另外還有最近因壽豐鄉建屋開挖發現的花崗山遺址的部份。
花蓮縣遺址數量雖多，幸大多位於未開發的深山，尚無破壞之虞，但東海岸因觀光發展，人為開發壓力愈來愈大。
值得參考的網頁 : 台灣史前時代遺址簡表
